1、选种。柠檬籽种出小盆栽，首先选种是关键。要选用已充分成熟的柠檬，不能选用没有熟透的，因为这种果实的种子发芽率比较低。然后剥出饱满粒大且完整的柠檬籽。
2、催芽。用清水将柠檬籽上面残留的果肉和汁液清洗干净，不能有残留。清洗时需注意不能弄伤它的出芽点，即种子微尖的部分。再把它们放入清水中浸泡，每天换一次水，大约7天左右就能发芽。
3、上盆。由于柠檬喜欢温暖湿润的环境下生长，而且喜欢排水性良好，土层深厚的土质。所以可以选用腐熟土，树林土，田园土按照3：1：1的比例进行混合调制作为盆土。再将催芽后的柠檬籽放入盆土内，然后在土壤表面铺盖一层粗砂，浇入适量的水分，保持土壤湿润即可。
4、间苗。栽种后约一周左右就能长出小苗，等再生长一段时间后需进行间苗，把一些生长细弱和较浓密的小苗拔掉，以保证养分能集中供给，小苗生长更好。如果柠檬盆栽养护的好，来年柠檬树苗就可以长高至与其他花卉植物相当的规模，此时养护方法也和其他绿植一样，为它施肥剪枝，浇水除虫，更换更大的盆。
