1、生物控制。将适量的水蚤投放至池塘，水蚤会将小球藻当作食物，经过一段时间即可起到抑制效果。需注意，投放时池塘内不能存在以水蚤为食的鱼类。
2、盐度控制。小球藻是窄盐生物，对盐分的浓度变化较敏感，向水中加盐也能起到一定除藻效果。
3、使用除藻剂。使用硫酸铜等除藻剂，经过稀释后再进行全池泼洒，翌日再换掉1/2的水质。部分除藻剂带有毒性，对鱼类、水草均会造成危害，用药时应谨慎。
4、减少投喂。控制饲料的投喂量，避免水体富营养化。在鱼塘上搭建遮阳棚，减少阳光直射，这样可抑制小球藻的繁殖。
5、稳定水质。定期消毒，定期注入新水，并将底层的污水换掉一部分，新水的温度要与池塘水的温度保持一致。
