1、化学性危害主要指农药残留、渔药残留、重金属，以及其他无机和有机化学物质对水产品造成的危害。农药、渔药残留据有关资料显示，我国每年在18.26亿亩的耕地上使用农药制剂100万吨左右。大量农药、化肥随表土流入江、河、湖、水库，从而导致水质恶化。不少养殖水塘或江、湖的髙密度养殖方式超出了水域的自然承受能力，加剧了水环境的恶化。一些养殖户还在养殖滩涂上随意施用农药、渔药。这是造成化学污染的主要原因。
2、有关检测研究表明，目前我国水域的农药、渔药残留污染程度为：养殖水塘>江湖>近海>远洋。有关部门对我国近海渔场和沿岸海水养殖区进行的监测显示，大部分海产品的安全质量略髙于淡水产品。不过，现在我们吃的许多海产品采用近海人工养殖，有相当数量并不生长在天然的环境里，也吃了鱼饲料和渔药。这种海产品就不一定比淡水产品安全了。有些地区部分海产品的污染程度甚至超过淡水产品，如南通海域的文蛤、杂色蛤、大竹，连云港海域的毛蚶等，污染较严重。
3、一般来说，海产品中的贝类、甲壳类、大型鱼类受化学污染较多。重金属污染根据重金属污染来源和迁移转化的特点，重金属污染物通过吸附、吸收或摄食，富集在水生物体内外，并随生物的运动而产生水平和垂直方向的迁移，或经由浮游植物、浮游动物、鱼类等食物链而逐级放大。因此，大型肉食性鱼类的污染更严重，最好不要吃。
