1、制作方法不同。大曲酒采用顶部发酵，酵母一直漂浮在发酵液体的表面。这种方式发酵的啤酒适合温度高的环境16-24℃，在装瓶后白酒会在瓶内继续发酵。这类白酒偏甜，酒精含量高，常常带有更加浓烈的口感，而且酒体很饱满。在温暖的发酵过程中可以形成果仁味和水果味，如果麦芽烘焙的很好，也可以出现巧克力香和蜂蜜香，而小曲酒以马铃薯或玉米、大麦、黑麦为原料，用精馏法蒸馏出酒度高达96%的酒精液，再使酒精液流经盛有大量木炭的容器，以吸附酒液中的杂，最后用蒸馏水稀释至酒度40-50%，除去酒精中所含毒素和其它异物的一种纯净的高酒精浓度的饮料。
2、制作原料不同。大曲酒为糖化发酵剂，大曲酒的原料主要是小麦、大麦，加上一定数量的碗豆。大曲又分为中温曲、高温曲和超高温曲。一般是固态发酵，大曲酒所酿的酒质量较好，多数名优酒均以大曲酿成。而小曲酒所用原料以大米为主，制成的酒具有独特的米香。
3、使用的酵母不同。大曲中主要的微生物是曲霉和醋酸菌、乳酸菌以及酵母。根据近年研究，发现曲中的微生物存在的种类与制曲温度有密切的关系。不同的制曲温度直接影响着大曲酒的风味特点。制曲温度低于摄氏五十度，酿成的白酒中含醋酸乙酯多，属清香型。用高温摄氏五十五度至六十度制的大曲，酿成的白酒中含己酸乙酯较多，届浓香型。小曲是米粉和米糠并添加香料制成，形状比较小，有圆饼形式圆球形，也有正方形或是长方形。南方各省生产的白酒约有一半是小曲洒。小曲酒的香气清谈，届米香型。用小曲酗酒，用曲少，出酒率高，除了酿造白酒外，还能酿造黄酒。制造小曲，添加香料，对微生物的繁殖有利。小曲中的主要微生物是根霉和毛霉以及少量酵母。在制曲时选择多菌种混合制曲，对改进小曲酒的香气有利。
