1、根。辣椒为直根系，但主根不很发达，侧根较多，但根量少，浅根性，根群一般分布在5-25CM深的表层土中，根系再生能力弱，茎基部不易发生不定根，不耐旱，不耐涝，栽植时注意保护根系，水分管理。
2、茎。辣椒茎木质化，较坚韧，茎直立，主茎较矮，株冠较小，株型较紧凑，在栽植中一般不需要支架，极少部分株高过高的品种，为了防止风折也需支架支撑。根据分枝结果习性，一般分为无限分枝型和有限分枝型两种。
3、叶。辣椒叶片较小，单叶互生，卵圆形或长卵圆形，无缺刻叶面光滑，颜色较深绿色，微有光泽，氮素充足时叶片较长，钾肥充足时叶幅较宽。氮肥过多或夜温过高时叶柄长，先端嫩叶凹凸不平，夜温过低时叶柄较短。土壤干燥时叶柄稍弯曲，叶身下垂；土壤湿度过大时整叶下垂。
4、花。辣椒雌雄同花，自花授粉，自然杂交率约为10%。花冠颜色为白色或绿色，无限分枝型品种多为单生花，有限分枝型品种多为簇生花。
