1、水样保存有以下几种方式：冷藏或冷冻保存法冷藏或冷冻的作用是抑制微生物活动，减缓物理挥发和化学反应速率，但此方法受温度、时间、水样污染浓度影响很大，不适合保存超过12小时。
2、加入化学试剂保存法：加入生物抑制剂：如在测定氨氮、硝酸盐氮、化学需氧量（COD）的水样中加入HgCI2，可抑制生物的氧化还原作用；对测定酚的水样，用H3PO4调至pH为4，加入适量CuSO4，即可抑制苯酚菌的分解活动。
3、调节pH：测定金属离子的水样常用HN03溶液酸化至pH为1～2，既可防止重金属离子水解沉淀，又可避免金属被器壁吸附；测定氰化物或挥发酚的水样中加入NaOH溶液调pH至12，使之生成稳定的酚盐等。
4、加入氧化剂或还原剂：如测定汞的水样需加入HNO3(至pH<1)和K2Cr2O7(0.5g/L)，使汞保持高价态；测定硫化物的水样，加入抗坏血酸，可以防止硫化物被氧化；测定溶解氧的水样则需加入少量MnSO4溶液和KI溶液固定(还原)溶解氧等。
5、综合以上方法，总结出针对COD氨氮总磷总氮水样可以以下处理：COD水样：水样采集后，应加入硫酸将PH调至＜2，以抑制微生物的活动。样品应尽快分析，必要时应在4℃冷藏保存，并在48h内测定。
6、氨氮水样：水样采集在聚乙烯瓶或玻璃瓶内，要尽快分析。如需保存，应加硫酸酸化水样至pH＜2，2-5℃下可保存7天。
7、总磷水样：水样采集后，加硫酸酸化至pH≤1保存。溶解性正磷酸盐的测定，不加任何保存剂，于2-5℃冷处保存，在24h内进行分析。
8、总氮水样：水样采集后，用硫酸酸化到pH＜2，在24h内进行测定。
