一、科属不同
二者同属于软骨鱼纲板鳃亚纲，但蝠鲼是燕魟目鲼科蝠鲼属，而鳐鱼是鳐形目鳐科鳐属。由于从目就不一样了，所以差异还是比较大的，可以看做两种不同的鱼类。
二、外形差异
蝠鲼的身体扁平，头部较宽，两侧有胸鳍分化而来的两个头鳍。胸鳍比较肥厚，如同翅膀一样。背鳍很小，尾巴又细又长，有的顶部还有一个或多个毒刺。它的牙齿又细又多，鳃孔宽大。鳐鱼的身体呈圆形或棱形，胸鳍很宽，从吻端一直扩伸到尾部，背鳍有两个。
三、分布不同
蝠鲼主要栖息在热带和亚热带的浅海地区，很少会停留在海底，一般从海岸附近的表水层到120米深的地方都能见到，我国在福建、浙江和黄海一带有发现。鳐鱼的分布范围则广泛的多，从热带到北极附近的水域都有，而且无论是浅海还是2.7千米深的地方也有分布，我国主要在东海和南海一带。
四、食性不同
蝠鲼通常以浮游生物和小鱼为食，通常会在珊瑚礁附近觅食，游动的时候，前鳍可以将食物送到嘴中，其鳃耙则将水滤出，食物留下。鳐鱼通常以海底的动物为食，比如蟹类和龙虾，长大后可以捕食乌贼等软体动物。
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