营养成分不同：水溶肥按养分含量可分为大量元素、中量元素、微量元素水溶肥料。复合肥只含有2种或2种以上营养元素，且成分以氮、磷、钾为主。
用法用量不同：水溶肥可进行根部冲施、叶面喷施、膜下滴灌，亩用量一般为5公斤左右。复合肥以土施为主，亩用量一般为40公斤左右。
作用效果不同：水溶肥的肥效持续时间短，适合作为追肥。复合肥的肥效持续时间长，适合作为底肥。
一、营养成分不同
1、水溶肥
（1）指能够完全溶于水的复合型肥料，外观以固体、液体为主，按养分含量可分为大量元素、中量元素、微量元素水溶肥料，含氨基酸、腐植酸等养分的功能性水溶肥料在市场上也比较常见。
（2）水溶肥配比多样，比如高氮肥、高磷肥、高钾肥、氮磷钾配比均衡的平衡型肥料等。
（3）水溶肥本身含有各种中微量元素，使用后会对作物的生长起到关键作用。
2、复合肥
传统的复合肥包含2种或2种以上营养元素，且主要成分为氮、磷、钾，配方及营养元素比较单一。
二、用法用量不同
1、水溶肥
（1）全国各地均适用，用法以根部冲施、叶面喷施、膜下滴灌、山地喷灌等方式为主，也可以根据当地的种植环境制订施用方法。
（2）用量较少，如果要冲施普通的平衡型水溶肥，用量只需5公斤左右/亩。
2、复合肥
一般要施用在土壤中，用量通常为40公斤左右/亩。
三、作用效果不同
1、水溶肥
主要作为追肥，肥效的持续时间较短，但使用后可快速被作物吸收（吸收利用率一般可达到90%左右，最高超过95%），因此仅适合在作物的需肥高峰期施用。
2、复合肥
适合作为底肥，肥效的持续时间较长，但传统复合肥在作物生长过程中的吸收利用率最高为60%左右。
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