1、先将软塑料管或胶管将下水盘出水管引出，供排水用。在育芽箱上面垫上10厘米厚的物体，然后将喷水箱放在上面，用软塑料管或胶管将水箱与喷头导管相连接。
2、将控制器“电源插头”接上220伏、50赫兹交流电，将育芽箱再接“控制电源”插头与控制器“控温电源输出”插座相接，再将控制器控温旋扭定在所需温度上，豆芽机即可开始工作。特别简单省事。
3、为了保证控温精度的正确性，当豆芽机安装后，或经过一段时间使用后，可按下述方法校对控温精度：将感温探头和标准温度计紧挨在一起，放在育芽箱内的上层。将育芽箱进行控制加温后，开始校对控温器上的旋扭指示值，分别指在1、2、3、4、5等处的准确控制温度值。但旋扭指在“1”上以后，对育芽箱内进行控制加温，观察指示灯。开始加温时，“加温指示灯”亮，“恒温指示灯”不亮。加温一段时间后，当“加温指示灯”熄灭，而“恒温指示灯”亮时，即表示育芽箱内温度达到控制温度值，这是读出标准温度计上的数值，即是旋扭指在“1”处的控制恒定温度值，记录后继续往下校对，直到将1-5各档的实际控制温度值全部校对完毕为止。
4、将种豆按常规浸泡好后放入育芽箱内的下水盘上（下水盘安放时要尽量保持水平），再将感温探头插入育芽箱顶的探头架上，将控温旋扭指在25-27度处。随后豆种开始萌发，此时可将豆芽机自动喷淋间隔调到2-3小时喷淋一次，到芽长1厘米后，调到4-6小时配淋一次。调节的水温要比指定的温度高出3-5度，使喷水的温度与豆芽当时的温度基本一致为宜。
