1、杀菌剂按化学成分分为无机杀菌剂和有机杀菌剂。
2、无机杀菌剂有硫素、铜素和汞素杀菌剂3类;有机杀菌剂分为有机硫类(如代森锰锌)、三氯甲硫基类(如克菌丹)、取代苯类(如百菌清)、吡咯类(如拌种咯)、有机磷类(如乙磷铝)、苯并咪唑类(如多菌灵)、三唑类(如三唑酮、三唑醇)、苯基酰胺类(如甲霜灵)等;按防治对象分为杀真菌剂、杀细菌剂、杀病毒剂等。
3、按作用方式分为保护性杀菌剂、内吸性杀菌剂等。按原料来源分为化学合成杀菌剂、农用抗生素(如井冈霉素、农抗120)、植物杀菌素、植物防御素等。
4、按作用方式分为喷布剂、种子处理剂、土壤处理剂、熏蒸和熏烟剂、保鲜剂等。