1、通风防晒。一般西瓜苗长出需要一周左右，要打开育苗大棚的两端，保持通风。如果遇到阳光强烈、高温天气，要在大棚上方铺一些稻草，等到过两天早晚阳光不强烈时，将稻草取下，全部敞开。遇到大风大雨天气要做好苗床保护，等到苗泛青后全部敞开，让西瓜适应露天环境，有利于西瓜的生长。
2、适当浇水。苗期要控制好水量，适量浇水，不要造成根部难以呼吸现象。在阴雨天停止浇水。对烂根较轻的瓜苗，可以采用苗床松土、撒施草木灰等方法增温降湿，利于瓜苗的生长恢复。
3、合理施肥。过量施肥会导致西瓜苗根系发黄、不发新根、地上部分生长缓慢等，造成肥害现象。因此要注意合理施肥，以磷、钾肥为主，氮肥为辅，浓度不宜超过0.3%。
4、移栽促根。将西瓜苗移栽到田间后，应定期喷洒营养液作为定根水淋施，促进瓜苗尽快发新根及根系生长发育，以防止烂根死苗。
5、轮作。长时间的连作重茬会造成西瓜烂根，也会导致*壤中的养分失调，不能满足西瓜生长的需要，进而造成西瓜烂根。因此，建议实行轮作，避免连作重茬。增施有机肥，切勿施用未腐熟的有机肥，避免造成烧根。
6、根线虫防治。根线虫是引致西瓜烂根的其中一种可能。主要危害是在根部，西瓜根部会生长出大小不一的瘤状物根结，阻碍根系吸收土壤中的营养和水分。长时间吸收不了水分，导致根部腐烂。因为根线虫虫体较小，主要生活在深*壤中，初期症状不明显，应提前做好根线虫的前期预防工作，避免西瓜烂根现象。
